Usulüne uygun uygulandığında HBOT oldukça güvenli ve yan etkileri çok azdır. Başlıca yan etkiler:

• Basınçtan kaynaklanan yan etkilerin başında kulak ve sinüs sorunları gelir. Özellikle orta kulakta ve sinüsler de bulunan hava basınç artınca büzülüp küçülür, basınç azalınca da genişler. Bu değişiklikler dengelenemez ise kulak ve sinüslerde ağrıya yol açabilir. Ayrıca çürük dişlerde ya da iyi yapılmamış ve hava kabarcığı bulunan diş dolgularında da ağrı sorunları görülebilir.
• Oksijen zehirlenmesi. Rutin HBOT (1,5-2,5 ATA ve aralıklı %100 oksijen uygulamada) oksijen zehirlenmesi çok nadirdir. 3 ATA ve daha yüksek basınçlarda %100 oksijen verildiğinde ya da düşük basınçlarda 8-10 saat kesintisiz %100 oksijen verildiğinde oksijen zehirlenmesine rastlanabilir.