Travma, cerrahi girişim, yabancı cisim, kontamine (steril olmayan) maddelerin cilt altı yayada adale içi zerkleri sonucu meydana gelen yaralarda aerobik, anaerobik mikropların tek başlarına yada her ikisinin aynı zamanda neden olduğu enfeksiyonlardır. Bu enfeksiyonlar genel olarak diyabetik yada vaskülopatisi olan riskli hastalarda görülür. Bu enfeksiyonlar klinik görünüm ve durumlarına göre; nekrotize fassiitis, klostridial yada nonkolostridial miyonekrozis ve Fournier gangreni gibi adlarla anılır. Bu enfeksiyonların dokudaki boyutu ne olursa olsun ortak patofizyolojik özellikleri: lokal doku hipoksisi ve bu hipoksiyi sekonder olarak artıran okulusive endartrittir. Bu tip enfeksiyonlarda, spesifik organizma toksinlerinin (klostridial theta toksin gibi) neden olduğu intra vasküler lökosit sekestrasyonu (parçalanması) sık görülür. Tüm bu faktörler oradaki O2 tüketimini artırdığından oksijenden yoksun bir ortam yaratır ki buda anaerobların çoğalmasına yol açar. Bu gibi yaralarda tedavinin temel taşını cerrahi debridman ve agressive antibiyotik tedavisi teşkil eder. Bunlara ilave olarak HBOT uygulanması çok yararlı olur çünkü: Oksijen anaerobik mikroplar için toksiktir, artı HBOT polimorfonüklear fonksiyonu düzeltir ve bakteriyel temizleme sağlar, klostridial miyonekrozda HBOT alfa toksinlerin salınmasını durdurur. Ayrıca HBOT aminoglikozid, sfalosporin, sulfonamid ve amfotericin grubu antibiyotiklerin penetrasyonunu ve etkinliğini artırabildiği görülmüştür.
HBOT nin nekrotize yumuşak doku enfeksiyonlarında etkili olduğuna mortalite ve morbiditeyi azatlığına dair çok sayıda klinik çalışma vardır.